La Unidad de Investigación tiene como misión fomentar, promover y financiar el desarrollo de las actividades de investigación; establece políticas, define los programas de investigación prioritario y coordina las actividades de investigación en la Facultad de Medicina
Fue creado el 17 septiembre 1997 por Resolución Rectoral: RR. 05622-CR-97. Desde su creación, ha tenido los siguientes Directores:

Dr. Garmendia Lorena Fausto Anibal 
Dr. Herman Vildózola Gonzáles
Dr. Juan Alberto Perales Cabrera
Dr. Sergio Gerardo Ronceros Medrano
Dr. José Carlos Pacheco Romero
Dra. Elydia Mujica Albán.
Dr. Juan Pedro Matzumura Kasano